Фонд коренных народов был создан по инициативе IDH и закончил свою деятельность миллионным хищением средств.

Фонд развития коренных народов и крестьянских общин, известный как Фонд коренных народов, был создан в 2005 году бывшим президентом Эдуардо Родригесом Вельце в ответ на требование коренных народов о выплате им доходов от прямого налога на углеводороды (IDH), но в итоге был запятнан хищением 71 миллиона боливиано, связанным с неправомерным управлением его ресурсами. Из 3462 проектов, одобренных в период с 2010 по 2013 год, был завершен только один, и в 2015 году Генеральная контрольная палата раскрыла экономический ущерб на миллионы, и этот случай стал одним из крупнейших коррупционных скандалов правительства MAS. Фонд коренных народов был создан в 2005 году в результате борьбы народа гуарани, который заметил, что на его территории ведется добыча углеводородных ресурсов. Они организовали мобилизацию и предложили ввести 10% НДС, прямой налог на углеводороды. После столкновения с военными в Санта-Крусе им удалось добиться от Родригеса Вельце, чтобы он декретом предоставил им 5% от IDH, но не только для гуарани, а для всех сельских регионов страны», — вспоминает исследователь Мануэль Моралес, автор книги «Фонд коренных народов: большая афера». Тем не менее, организация начала официально функционировать в 2009 году под руководством Эльвиры Парра, которая оставалась на этой должности до 2011 года. В 2012–2013 годах руководство фондом осуществлял Даниэль Сапата, а в 2014–2015 годах — Марко Арамайо. Фонд коренных народов был создан в соответствии с Верховным декретом № 28571 от 22 декабря 2005 года, который установил структуру управления на основе широкого многосекторального совета под председательством министра по делам коренных народов и коренных народов. В его состав входили представители министерств по делам крестьян и сельского хозяйства, устойчивого развития, экономического развития, финансов и народного участия, а также двенадцать делегатов, избранных организациями коренных народов и крестьян. В состав директората входили: Единый профсоюзный союз сельских рабочих Боливии (Csutcb) (2 представителя), Национальный совет айю и маркас Кольясуйу (Conamaq) (2), Конфедерация коренных народов Боливии (Cidob) (2), Профсоюзный союз колонизаторов Боливии (CSCB) (2), Ассамблею народа гуарани (APG) (1), Федерацию крестьянок Бартолина Сиса (1), Координационный совет этнических народов Санта-Круса (Cpesc) (1) и Центральный совет этнических народов Мохеньос дель Бени (CPEM-B) (1). В устном докладе перед Сенатом в 2015 году тогдашний министр сельского развития Немесия Ачаколло сообщила, что в период с 2006 по 2014 год Фонд коренных народов получил от государства 3,197 млрд боливийских боливиано и указала, что из этой суммы на банковских счетах оставалось 1,855 млрд боливианских боливиано. В исследовании Моралеса отмечается, что первые отчеты Счетной палаты показали, что в период с 2010 по 2011 год было одобрено 153 проекта, которые не были завершены и по которым не были представлены отчеты о ходе работ. Не было никаких физических доказательств проведения работ, не существовало полных технических папок, и во многих случаях средства были выделены без надзора. В нарушениях в Фонде коренных народов были замешаны лидеры структур, связанных с правительством MAS, такие как Мельва Уртадо из Cidob, Иларион Мамани из Conamaq , Дамиан Кондори, Фернандо Чоке и Симеон Халири из Csutcb, Эвер Чокеуанка из Cscib, а также лидеры Bartolinas, Хуанита Ансиета и Хулия Рамос. Спустя более 10 лет после начала дела о Фонде коренных народов адвокат Марко Арамайо Эктор Кастельон и исследователь Мануэль Моралес сходятся во мнении, что большинство процессов остаются неопределенными. «Еще несколько недель назад нам продолжали поступать уведомления о некоторых инцидентах и некоторых процессах в рамках дела Марко Арамайо. Последнее уведомление поступило три или четыре недели назад с просьбой о прекращении процесса в связи со смертью», — рассказал он. Юрист подчеркнул, что расследование должно было охватить все вовлеченные в то время органы власти и министерства, чтобы определить ответственность за создание и реализацию проектов Фонда. Моралес отмечает, что в реализации проектов были задействованы более 2000 человек, включая технических специалистов, руководителей и представителей министерств, которые должны быть подвергнуты расследованию.