Уругвайский проект по биоинформатике, направленный на улучшение качества мериносовой шерсти, ищет финансирование

Эухенио Хара (40 лет) не знал о существовании биоинформатики. Он поступил на бакалавриат биологического факультета в Уделар с намерением изучать экологию. Однажды ему пришлось сдавать предмет "Эволюция", который вел доктор Энрике Лесса, и все изменилось: "Я был в восторге. Тогда я подошел к Андресу Ириарте, который был моим практическим учителем по этому предмету, и случайно оказался на биоинформатике", - рассказывает он El País. В итоге он закончил биологический факультет, получил степень магистра генетики в рамках Программы развития фундаментальных наук (PEDECIBA), а затем докторскую степень на факультете ветеринарной медицины. "Именно тогда я начала работать с домашними животными", - говорит она о том, что стало ее нынешней работой: применение биоинформатики для изучения животных. Что же такое биоинформатика? "По сути, это использование алгоритмов или программ для анализа биологической проблемы. Другими словами, использование всего потенциала, которым обладает информатика, для решения биологических задач", - объясняет он самым простым для понимания обывателя способом. Затем он приводит примеры. "Фермер из Такуарембо увидел, что у герефордской породы крупного рогатого скота есть рак глаз, у животных были депигментированные веки. Вместе с моим наставником мы начали разрабатывать количественную оценку экспрессии генов с помощью компьютерных инструментов. На основании этого можно делать выводы, формулировать гипотезы о том, что может стоять за тем, что животные с депигментированными веками болеют раком чаще, чем другие", - говорит Джара. Исследователь отмечает, что положительным моментом биоинформатики является то, что, используя одну и ту же методику или один и тот же инструмент, можно применять различные подходы. "Можно работать с другими животными, а не так, что мы работаем с коровами и всегда с коровами", - говорит он. В настоящее время Джара работает над проектом, для которого он ищет финансирование в ANII (Национальном агентстве по исследованиям и инновациям), по изучению пигментных волокон у овец. "Это уже изучалось на агрономическом факультете, но не так глубоко, как мы хотим это сделать сейчас", - сказал он в интервью El País. Он пояснил, что мериносовые овцы имеют тонкую белую шерсть, но в некоторых случаях появляются пигментированные волокна. Это может быть связано с экологическими или генетическими причинами. Экологические причины могут быть связаны с мочой, грязью или работой человека, а одной из генетических причин являются родинки. "Сложно определить пигментные волокна в руне, это должен делать человек. Так что это очень кропотливая работа, нужен специализированный специалист", - говорит Джара. Почему необходимо выявлять эти волокна? Потому что они снижают качество шерсти. Например, когда ее собираются окрашивать в пастельные тона, они выделяются, продукт теряет качество и его не покупают. Мы хотим изучить с помощью биоинформатики генетическую основу, какие гены задействованы и почему одно животное может быть более восприимчиво к родинкам, чем другое". Позже, в рамках других проектов, можно будет выявить генетические маркеры и включить их в программу генетического улучшения. Другими словами, мы могли бы выбирать животных, которые менее подвержены появлению родинок", - говорит исследователь. Отвечая на вопрос о том, с какими инструментами работают биоинформатики, Джара говорит, что в случае с факультетом ветеринарной медицины они используют операционную систему Linux. "В Linux несколько пользователей могут подключаться одновременно, в то время как в Windows их может быть несколько, но подключиться может только один", - поясняет он. Большим преимуществом биоинформатики является возможность работы с очень большими объемами данных, т.е. возможность одновременного анализа многих вещей. "В противном случае это было бы очень громоздко и отнимало бы много времени", - говорит он в интервью El País. Хара утверждает, что в Уругвае имеются все необходимые инструменты для работы, достаточно компьютеров и серверов для проведения анализа, и в этом отношении нет никаких ограничений. "Сервер, который мы имеем на факультете ветеринарной медицины, скромный, его недостаточно для создания ассоциации, но, например, в Институте Клементе Эстабле есть компьютер, которого более чем достаточно", - говорит он. Он отмечает, что в нашей стране не так много людей, занимающихся биоинформатикой. "Это нечто совершенно новое и все более востребованное", - говорит он. В случае с факультетом ветеринарной медицины он поясняет, что студенты не ориентированы на научные исследования, а поступают с целью стать ветеринарами. "Это не похоже на биолога, чья карьера направлена на исследования", - говорит он. В его случае все наоборот. "Я не люблю тыкать и тыкать, работать с животными", - говорит он, объясняя, почему он оказался в той сфере деятельности, которую стремится развивать и стимулировать ее рост. "На кафедре генетики и разведения животных факультета ветеринарной медицины нас около десяти человек, и мы пытаемся продвигать информатику в ветеринарии. Мы хотим, чтобы ее больше показывали, потому что это может придать дополнительный уровень актуальности для нашей страны, учитывая, что домашние животные важны для Уругвая. Мы хотим создать на факультете ветеринарной медицины отделение биоинформатики. Я не знаю, удастся ли нам это сделать, но мы пытаемся", - заключает он.